故事围绕一位名叫阿龙纳斯的教授展开，他与他的仆人康塞尔以及捕鲸手尼德·兰一起，被卷入了一场神秘的海底探险。他们乘坐一艘名为“鹦鹉螺号”的潜水艇，这艘潜艇由谜一般的船长尼莫驾驶。尼莫不仅技术高超，而且学识渊博，他对海洋有着深深的热爱和独特的理解。

在旅途中，“鹦鹉螺号”带领着阿龙纳斯一行人穿越了世界各地的海洋，从太平洋到印度洋，再到大西洋和南极海域。他们目睹了海底的壮丽景色，如五彩斑斓的珊瑚礁、神秘的沉船遗迹以及各种奇异的海洋生物。同时，他们也遭遇了许多惊险的时刻，比如与鲨鱼搏斗、遭遇章鱼袭击以及在冰山中被困等。

尼莫船长虽然表面上冷漠孤傲，但实际上内心充满了对正义的追求和对人类社会的深刻反思。他利用“鹦鹉螺号”进行科学研究，并帮助那些受压迫的人们。然而，他的过去却是一个永远的秘密，只有阿龙纳斯逐渐揭开了他的一些线索。

最终，阿龙纳斯等人设法逃离了“鹦鹉螺号”，但尼莫船长的命运却成为一个永恒的谜团。这部小说不仅是一部精彩的冒险故事，更是一部关于科学、哲学和社会问题的深刻探讨。凡尔纳通过这部作品展示了人类对未知世界的渴望和探索精神，同时也警示人们要珍惜自然资源，保护地球环境。

《海底两万里》以其扣人心弦的情节、生动的人物刻画和深刻的内涵，成为了跨越时代的经典之作，激励了一代又一代读者去追寻梦想，勇敢地面对未知的挑战。